Коллегиальный орган управления университетом, создание которого является обязательным для автономных учреждений. Сформирован приказом Минобрнауки России от 01 июня 2015 года № 553.
Состав наблюдательного совета
Развожаев Михаил Владимирович
Должность: Губернатор города Севастополя - председатель наблюдательного совета СевГУ
Гура Лидия Михайловна
Должность: советник при ректорате по взаимодействию с коллегиальными органами управления федерального государственнго автономного образовательного учреждения высшего образования "Севастопольский государственный университет"
Кашкаров Павел Константинович
Должность: помощник президента Национального исследовательского центра "Курчатовский институт"
Коновалов Сергей Карпович
Должность: директор Морского гидрофизического института РАН
Омельчук Андрей Владимирович
Должность: заместитель Министра науки и высшего образования Российской Федерации
Осипов Игорь Владимирович
Должность: командующий Черноморским флотом ВМФ России

Осьмаков Василий Сергеевич
Должность: заместитель министра промышленности и торговли Российской Федерации
Рахманов Алексей Львович
Должность: президент АО «Объединённая судостроительная корпорация» (ОСК)
Фомина Алена Владимировна
Должность: генеральный директор акционерного общества «Центральный научно-исследовательский институт экономики, систем управления и информации «Электроника»
Храброва Ирина Алексеевна
Должность: директор Департамента управления имуществом Министерства науки и высшего образования Российской Федерации.
Шатохин Андрей Викторович
Должность: генеральный директор акционерного общества «Концерн «Океанприбор»